Заболевание полиэтиологичное и не до конца изученное. Причиной деструктивных изменений слизистой носослёзного протока, ведущих к его сужению (вплоть до стриктур и облитераций), могут быть вирусные, бактериальные и дистрофические заболевания как конъюнктивы, так и слизистой полости носа.

Каналикулиты вызываются вирусной, микробной и грибковой инфекцией. Кроме того, канальцы могут воспаляться в результате попадания в их просвет инородных тел, частиц косметики и т.д.

Хронические каналикулиты в настоящее время в основном микотические. Описаны также туберкулёзные и сифилитические каналикулиты.