В головном мозгу пузыри цистицерка локализуются в веществе головного мозга, в желудочковой системе и в оболочках головного мозга. В веществе головного мозга цистицерк образует иногда одиночные, но большей частью множественные пузырьки, расположенные в различных отделах мозгового вещества. В оболочках головного мозга цистицерк приводит к развитию базилярного цистицеркозного менингита. Цистицерк в оболочках мозга обычно представлен в виде ветвистого цистицерка, который состоит из ряда соединенных друг с другом пузырей, напоминающих кисть винограда. Наличие цистицерка вызывает реактивный хронический воспалительный процесс паутинной оболочки. Цистицеркозный менингит на основании мозга часто локализуется в области хиазмы. При этом хиазма, внутричерепная часть зрительных нервов и зрительные тракты окутаны утолщенной мутной инфильтрированной арахноидальной оболочкой с включенными в нее пузырьками ветвистого цистицерка.