Это состояние возникает вследствие нарушения сообщения придаточной пазухи с полостью носа из-за сужения или облитерации выводного протока, анатомических вариантов развития, полипоза, воспаления слизистой носа у больных с неполностью излеченным синуситом или его вялым хроническим течением с сужением выводного протока, травм (Ф. И. Добромыльский и И. И. Щербатов). В результате в пазухах скопляется серозное (hydrops), слизистое (mucocoele) или гнойное (pyocoele) содержимое, которое приводит к растяжению и истончению костных стенок полостей и выпячиванию кисты слизистой под кожу или в орбиту, так как особенно выражено растяжение именно стенок глазницы. Чаще поражается лобная пазуха (80%), реже решетчатая (15%) и совсем редко основная и гайморова (А. Г. Лихачев).

Мукоцеле нередко, по мере истончения костей, распространяется из одной пазухи в другую.