Каналикулиты вызываются вирусной, микробной и грибковой инфекцией. Кроме того, канальцы могут воспаляться в результате попадания в их просвет инородных тел, частиц косметики и т.д.

Хронические каналикулиты в настоящее время в основном микотические. Описаны также туберкулёзные и сифилитические каналикулиты.