Хламидии — мелкие внутриклеточные микроорганизмы, проявляющие свойства вирусов и бактерий. Размножаясь в эпителиальных клетках, образуют скопления в цитоплазме клеток (тельца Гальбер-штедтера—Провачека). Для подтверждения этиологии заболевания используют микроскопию мазков с конъюнктивы (окраска по Романовскому—Гимзе). Более чувствительными является исследование с помощью культуры клеток McCoy или иммунофлюоресцентный анализ (подтверждение этиологии в 90—95%).